NCNPの手術部では、神経・精神疾患を抱える患者さんを対象にした手術・血管造影・修正型電気けいれん療法（ｍECT）を行っています。脳神経外科は、主にてんかん、パーキンソン病などに対する機能的脳外科手術を、総合外科・整形外科は精神・神経・筋疾患を有する患者さんの合併疾患に対する外科治療を行っています。神経難病の診断を目的にした筋生検や神経生検、障がい者を対象にした全身麻酔下の歯科治療なども数多く行われており、乳幼児から高齢者まで幅広い年齢層の方々の手術を扱っているのが特徴です。また、数多くの精神科の患者さんに対応するため、手術部エリア内にｍECT室が併設されています。
合併症を抱える患者さんが安心して麻酔と手術を受けられるよう、スタッフのコミュニケーションを大事に円滑で安全な運営を心がけています。